Il nome Cerro Veronese, per distinguerlo da Cerro al Lambro (Milano), Cerro al Volturno (Campobasso), Cerro Maggiore (Milano) e Cerro Tanaro (Asti), fa riferimento all'omonimo albero, che si trova nella piazza principale, anche se in realtà la quercia di Cerro non è propriamente un cerro ma una quercia-sughera (Quercus crenata). Il nome Cerro si è sostituito nel XV sec. Al precedente Alfera, di difficile interpretazione. Secondo alcuni la silva Alferia, attestata ancora nel X sec., sarebbe bosco di Alfierio (nome germanico), oppure di un nome pre-romano. In cimbro, Cerro era detto kame Cire.

Le prime testimonianze della presenza umana nel territorio di Cerro risalgono al Paleolitico inferiore (oltre 100.000 anni fa) e medio con alcuni ritrovamenti di pietre e selci lavorate, tra cui un manufatto in selce rinvenuto nel vajo del Trotto.

Vi sono poi dei ritrovamenti avvenuti nella Grotta del Mondo ed attribuiti al Paleolitico superiore (circa 10.000 anni fa) ed al Mesolitico (intorno a 7000 anni fa). Del periodo Neolitico ed Eneolitico (da 4500 a 1800 anni a.C.) restano alcune testimonianze sul dosso di Caramalda, tra cui alcuni frammenti di vaso, e nella Grotta del Mondo.

Nel dosso della Nasa sono stati rinvenuti manufatti in selce, attribuibili ad un insediamento di circa 4000 anni fa (cultura campignana) precedente l'età del bronzo. Non vi sono attualmente testimonianze dell'Età del bronzo e del ferro.

In epoca romana e fino al Mille sembra che la maggior parte del territorio di Cerro fosse disabitato. Nel X sec. tra il vajo di Squaranto ed il vajo dell'Anguilla si estendeva la Frizolana (attestata per la prima volta in un documento del 921), ricoperta da rigogliosi boschi di roveri e carpini nella parte meridionale, utilizzati per il taglio del legname e per la produzione di carbone da legna.

Cerro viene citato per la prima volta in un diploma di Ottone I del 970 come silva Alferia, bosco da sfruttare da parte del coloni di Azzago, dipendenti dal Monastero di Santa Maria in Organo.

Altre attestazioni sono in diplomi di Enrico II del 1014 (Montem qui dicitur Alferia), di Corrado II del 1027, e di Enrico III del 1047 (Monte qui dicitur Alferia) nei quali la zona viene affidata in gestione e confermata al Monastero di San Zeno. Anche un diploma di Federico I del 1163 conferma i beni del montem Alferie all'abate di San Zeno. Nel XII-XIII sec. La parte più meridionale della Frizolana (così era chiamata l'attuale zona a sud di Bosco Chiesanuova) era dipendente dai canonici della curia di Verona che la davano in affitto a lavoratori della Valpantena: si tratta di località poste nel basso vajo dell'Anguilla (Valbusa, Calavedo, Lughezzano) o nel vajo della Barbana (Arzerè, Prati, Corbiolo). Infatti nel 1185 i confini meridionali toccano la Fontana del Termine, il ceredum (forse un bosco di cerri) ed una croce di Squaranto.

I boschi della zona di Cerro erano sfruttati in questo periodo per ricavare legname e carbone da legna, ma si iniziavano anche a costruire calcare per la produzione di calce, mentre a partire dal XV sec. inizia la produzione e commercializzazione del ghiaccio.

È solo agli inizi del XV sec. che popolazioni di origine bavaro-tirolese, insediatesi dapprima nella zona di Roverè, andarono a colonizzare anche alcune località occidentali della media Lessinia quali Cerro: inizia così la penetrazione cimbra del territorio di Cerro, con la formazione di numerose contrade. Il comune di Alferia nasce negli ultimi decenni del XIV sec. e la sua prima attestazione è del 1394, in una supplica ai Visconti per l'esonero del pagamento del dazio del sale.

Nel 1408 il comune acquista una taverna con terreno dalla Repubblica di Venezia, mentre chiede ripetutamente esenzioni sul dazio del sale e della lana nella prima metà del Quattrocento.

La prima rappresentazione cartografica del territorio di Cerro è nella cosidetta carta dell'Almagià, attribuita al 1460-65, che rappresenta el cero con una chiesa, alcuni edifici, una pozza d'acqua ed un albero, nonché la contrada vale fondrina (Foldruna) con due edifici. Proprio intorno alla metà del XV sec. si comincia a parlare di Cero e non più di Alferia. La prima chiesa, probabilmente una cappella dipendente dalla pieve di Grezzana nel XIII sec., verrà sostituita nel XIV sec. da una cappella intitolata a San Osvaldo, officiata da sacerdoti di Roverè o di Chiesanuova.

Nella seconda metà del XV sec. probabilmente questa cappella diviene autonoma e nel 1490 possiede anche un diritto di decima su di un terreno. Durante la visita pastorale del Giberti del 1527, la chiesa di Cerro ha come rettore don Girolamo di Progno che amministra tutti i sacramenti ed è stipendiato dalla comunità. Dalle successive visite pastorali del Giberti (1530,1532 1542) si apprende che la parrocchia conta circa 400 abitanti e viene retta da don Leonardo da Rotzo e da don Bernardo da Ala. Successivamente, furono parroci di Cerro don Alessandro di Fane nel 1553 e don Bernardo Barbieri di Colognola nel 1568, scelti dai capifamiglia in quanto la comunità aveva il diritto di giuspatronato. Nel 1571 inizia la successione attestata e documentata dei parroci con don Innocenzo Rigo. In questo periodo Cerro faceva parte del Vicariato delle Montagne con gli altri comuni cimbri ed era retto da un Massaro. È nel XVI e XVII sec. che si ha la massima diffusione della parlata cimbra nel territorio di Cerro, parlata che non ebbe però mai la prevalenza sull'idioma veneto: alcune contrade del comune ricordano nella toponomastica questa loro origine cimbra.

Nell'estimo del 1652 la Comunità di Cerro possedeva 100 appezzamenti di terreno estesi per 582 campi e del valore di 5624 ducati, coltivati a prato, bosco, seminativo ed anche a vigneto. L'autonomia del Vicariato delle Montagne e quindi anche del comune di Cerro durò fino all'avvento di Napoleone; qualche anno prima, nel 1787 il comune contava 750 abitanti. Nell'inchiesta napoleonica del 1807, Cerro risulta essere frazione del comune di Roverè (comprendente anche Saline) che conta complessivamente 2496 abitanti ed ha un'economia basata sulla coltivazione di segala, avena e frumento nero, mentre l'allevamento conta 19 capre, 1219 pecore, 168 vacche, 220 vitelli e buoi e 53 muli e cavalli.

Nel comune non vi sono ancora scuole e sono presenti quattro parrocchie: Roverè, Cerro. Saline, Piegara. Nel 1809 Cerro aveva 483 abitanti, di cui 117 residenti nel paese. Le prime scuole elementari maschili nascono alcuni anni dopo e vengono potenziate dopo il 1818 dall'Austria (con tre anni obbligatori), quando la popolazione di Cerro è di 497 abitanti. Nel 1871 la popolazione di Cerro è di 755 abitanti e continuerà a crescere fino al 1921 quando raggiungerà le 1156 unità.

Nel XIX sec. Cerro diede i natali al missionario ed esploratore don Angelo Vinco (1819-1853) ed ai camilliani padre Germano Tomelleri (1828-1888), padre Giovanni Battista Carcereri (1828-1901), padre Stanislao Carcereri (1840-1899).

Dal 1928 e fino al 1947 Cerro divenne frazione di Grezzana, raggiungendo nel 1930 i 1400 abitanti, poi in progressivo calo fino agli anni Settanta. Tra le due guerre si manifesta sensibilmente il fenomeno migratorio, accentuato anche negli anni Cinquanta e Sessanta quando la popolazione diminuisce a circa 1000 unità (940 nel 1961) per i trasferimenti verso la città.

Nel 1955 fu costruita la nuova strada Verona-Bosco che tolse Cerro dall'isolamento e fu il volano dello sviluppo in senso turistico del paese con la costruzione di alcuni alberghi e di numerose villette e seconde case (sempre però per quanto possibile nel rispetto dei luoghi), frequentati d'estate da cittadini veronesi e della padania.

Dal 1981 la popolazione riprende a crescere in controtendenza rispetto a tante altre zone montane, occupando anche quelle seconde case che magari prima rimanevano chiuse per un lungo periodo dell'anno, sino ad arrivare ai 1979 abitanti a fine 2000.